Licence SV - 2ème année (L2)

SV 3.1 EP1 Physiologie Animale
CM : 24h - TD : 16h – TP : 8h
Cours : Système nerveux - Potentiel de membrane et potentiel d'action- Synapses et jonction neuromusculaire - Couplage excitation – Contraction musculaire. Système endocrinien : Notion d'hormone et de récepteurs hormonaux, production, distribution, mode de sécrétion et d'action. Contrôle hormonal de la différentiation sexuelle - Système reproducteur mâle.
TD : Analyse de données électrophysiologiques, de dosages hormonaux. Introduction aux processus d'intégration cognitive.
TP : Simulation in silico de l’activité électrique

SV 3.1 EP2 Biologie cellulaire - Signalisation
CM : 14h - TD : 10h
Cours : Cytosquelette et mouvements cellulaires, Processus de reconnaissance et d’adhésion cellulaire, Relation cellules et matrice extracellulaire, Communication intercellulaire. - Intégration des mécanismes moléculaires intervenant dans la signalisation cellulaire. Perception du signal : notion de récepteurs membranaires et cytoplasmiques, récepteurs couplés aux protéines G, récepteurs avec ou sans activité kinase. - Transduction du signal : les différentes voies de signalisation, les seconds messagers (AMPc, IP3, Ca2+), les kinases (MAPkinase, PI3kinase/Akt)
TD : Analyse de résultats d’article ayant traits à l’inflammation, la coagulation, la réparation tissulaire ou les métastases du point de vue structural et fonctionnel. Méthodes d’étude des voies de signalisation, en se basant sur des techniques de biologie cellulaire, de biochimie et d’imagerie cellulaire.

SV 3.2 EP1 Physiologie Végétale
CM : 27h - TD : 9h – TP : 12h
Cours : Nutrition organique des végétaux : la photosynthèse, autotrophie carbonée, autotrophie azotée, autotrophie soufrée - Alimentation en eau et nutrition minérale des végétaux : Le sol, l’eau et la plante – Absorption et circulation de l’eau et des sels minéraux dans la plante - Physiologie de la morphogenèse : Rôles des facteurs de l’environnement et des régulateurs de morphogenèse.
TD : Application des connaissances acquises sur la photosynthèse, l’autotrophie carbonée et la morphogenèse des végétaux pour la résolution d’exercices pratiques. Exemples d’application de ces connaissances à l’étude des fonctions de végétaux d’intérêt.
TP : Mise en évidence des pigments et de l’activité des photosystèmes sur chloroplastes isolés - Analyse des échanges plante-eau. Fonctions de la nitrate réductase.

SV 3.2 EP2 Biologie des organismes
CM : 8h - TD : 3h – TP : 11h
Cours : Présentation comparée des différentes structures impliquées dans les grandes fonctions.
TD : Approfondissement du cours
TP : Anatomie comparée.

SV 3.3 EP1 Génétique mendélienne 2
CM : 16h - TD : 14h – TP : 2h
Cours : Réplication de l’ADN et sa régulation – Régulation de l’expression des gènes (chromatine – transcription – traduction) – Recombinaison et réparation de l’ADN –Notions de chaine de biosynthèse et complémentation - Cartographie des génomes eucaryotes et procaryotes.
TD : Exercices d’applications sur les notions de cours.
TP : Carte génétique pour 3 caractères chez la drosophile avec le logiciel Drosofly.

SV 3.3 EP2 Microbiologie générale
CM : 24h - TD : 10h – TP : 6h
CM Bactériologie : Principes d’identification et de classification des bactéries - Structure de la cellule procaryote : éléments constants et inconstants - Nutrition et croissance bactérienne ; milieux de culture - Notions de virulence et de pathogénicité - Moyens de conservation et d’élimination. CM Virologie : Principes d’identification et de classification des virus - Structure des virus - Cycles de multiplication - Ces thématiques seront illustrées avec des virus des animaux (mammifères et invertébrés), des plantes et des bactéries. CM Parasitologie : A travers trois exemples, comprendre leur mode de vie, leur reproduction au sein de l’organisme hôte.
TD : Applications du cours sous forme d’exercices. Présentations orales d’articles en langue française.
TP : Colorations et observations microscopiques, ensemencement des bactéries et observations macroscopiques des colonies et bouillons.

ST 3.3 EP1 Chimie des eaux
CM : 10h - TD : 8h
En chimie des eaux, les étudiants doivent identifier et caractériser les mécanismes de contrôle du pH et de la régulation de la composition chimique des eaux naturelles au cours de l’altération supergène : réactions acido-basiques, dissolution-précipitation de minéraux secondaires et oxydo-réduction. Les applications concernent l’étude des eaux de pluies, de surface et des eaux souterraines.

ST 3.3 EP2 Processus magmatiques
CM : 6h – TP : 10h
Cet enseignement vise à comprendre la formation des principaux types de roches magmatiques en lien avec les différents contextes géodynamiques. Les étudiants doivent savoir déterminer les minéraux des roches en se basant sur leurs propriétés optiques, notamment au travers de l’utilisation du microscope polarisant.

ST 3.3 EP3 Sédimentologie
CM : 8h - TD : 6h – TP : 4h
Cet EP a pour objectif de permettre aux étudiants d’appréhender l’origine et la nature des sédiments, de comprendre et connaître la classification des roches sédimentaires, et d’aborder la notion de faciès (et microfaciès) sédimentaire. Dans ce module, on s’intéresse plus particulièrement aux processus de sédimentation en milieu continental.

ST 3.3 EP4 Sols et environnement
CM : 6h – TD : 4h - TP : 8h
Cet enseignement vise à acquérir des connaissances sur les sols, compartiment de l’écosystème à l’interface entre l’atmosphère, l’hydrosphère, la lithosphère et la biosphère. Les sols sont abordés du point de vue de leurs principaux constituants minéraux et organiques, des modalités de leur formation et de leurs propriétés physico-chimiques. Une demi-journée de terrain permet de les observer in-situ, de les décrire et de les resituer dans leur environnement. Les séances TD/TP en salle permettent d’interpréter des analyses de sols, ainsi que d’apprendre à lire des cartes pédologiques.

SV3.4 EP1 Anglais
TD : 20h

SV3.4 EP2 Statistiques
CM : 2h - TD : 6h – TP : 2h
Test d'hypothèses (paramétriques) : une moyenne (Student), deux moyennes (Student), plusieurs moyennes (ANOVA), deux variances (Fisher), proportions (Χ2), indépendance (Χ2).

SV3.4 EP3 Production numérique
TD : 10h
Ce module a pour objectif de former les étudiants à la création de ressources numériques pédagogiques conçues par et pour eux. Les étudiants seront invités à s’approprier certaines techniques de base pour la création de contenus multimédias à l’aide de tutoriels et de mises en situation. Puis, ils devront appliquer ces techniques au traitement d’un sujet scientifique de leur choix, parmi une liste de sujets pluridisciplinaires établie par l’équipe pédagogique.
Le travail effectué dans ce module concernera l’appropriation des outils et méthodes de production des ressources numériques étudiées, une initiation à la gestion de projets multimédias à visées pédagogiques et la définition d’un cahier des charges techniques. Les étudiants seront formés en présentiel à certains outils et il leur sera demandé de proposer un avant-projet incluant la définition d’un cahier des charges.
Compétences acquises : Méthodologiques : Gestion de projets, initiation aux TICE, production de ressources pédagogiques multimédias. Techniques : Création de supports de présentation enrichis, conception d’objets de réalité virtuelle/augmentée, techniques de base d’animation 2D et 3D. TD : Les TICE : concepts, outils et méthodes (2hrs) - Formation outils et techniques de production numérique : (6hrs) - Présentation des cahiers des charges des avant-projets (2hrs)

SV 4.1 EP1 Métabolisme et introduction à l’enzymologie
CM : 22h - TD : 16h – TP : 8h
CM : Enzymologie : Structure et propriétés des enzymes : Notion de catalyseur biologique - Le site actif (de la structure Iaire à la structure IIIaire des enzymes), notion de spécificité – Cofacteurs - Classification et nomenclature. Energie libre d’activation et catalyse enzymatique Cinétique enzymatique : réaction élémentaire et ordre de réaction - Cinétique Michaélienne et détermination des paramètres cinétiques - Régulation de l’activité enzymatique : facteurs du milieu, inhibiteurs. Biochimie métabolique : Métabolisme des glucides : glycolyse, voie des pentoses phosphates, néoglucogenèse, synthèse et dégradation des osides. Métabolisme des acides organiques : cycle de Krebs et ß-carboxylations. Métabolisme des lipides : biosynthèse et ß-oxydation des acides gras saturés, biosynthèse et dégradation des glycérolipides. Métabolisme énergétique : présentation des divers types de métabolisme énergétique (phototrophie, chimiotrophie : respirations et fermentations), la respiration aérobie organotrophe dans la cellule eucaryote (la chaîne respiratoire mitochondriale, l’ATP-synthase, les phosphorylations oxydatives), la fermentation lactique, la fermentation alcoolique.
TD : Cinétique Michaélienne (calcul des constantes) et exercices d’application du cours illustrant la relation métabolisme cellulaire et physiologie.
TP : Etude de la cinétique Michaélienne : détermination des paramètres cinétique de la phosphatase acide vis-à-vis d’un substrat - Utilisation de la spectrophotométrie en biochimie : détermination du coefficient d’extinction molaire, dosage du glucose par la glucose oxydase. Chromatographie en couches minces de glucides.

SV 4.1 EP2 Biologie moléculaire
CM : 10h - TD : 10h – TP : 4h
Cours : Les acides nucléiques : l’influence de leur structure et leur séquence sur les manipulations en pratique- Les outils : les enzymes utilisés lors de la manipulation et l’analyse de l’ADN/ANR. Les vecteurs pour le clonage et l’expression de l’ADN recombinante - Les stratégies : comment fait-on pour analyser, isoler, et exprimer un gène.
TD : Exercices sur les principes de manipulation enzymatique de l'ADN pour le clivage et clonage et caractérisation par analyse de restriction. Analyse des biomarqueurs par PCR, blot (Southern, Northern, Western) et séquençage.
TP : Analyse de restriction d'un plasmide.

SV 4.2a EP1 Biologie de la reproduction et du développement animal
CM : 22h - TD : 10h – TP : 16h
Cours : Biologie de la Reproduction animale : Les différents modes de reproduction chez les invertébrés et les vertébrés : reproduction asexuée et sexuée - La lignée germinale : origine, ségrégation et migration. - Le processus de formation et de différenciation des gamètes chez les vertébrés (plus particulièrement chez les mammifères et les amphibiens) : la gamétogenèse - Le contrôle endocrinien de la gamétogenèse : hormones hypophysaires et stéroïdiennes - Le mécanisme de la fécondation - L’infertilité mâle et femelle. Biologie du développement animal : Les différents types d’oeufs - Les grandes étapes du développement embryonnaire, en particulier chez les mammifères, les amphibiens et les oiseaux : La segmentation, la gastrulation, l’organogenèse - Les mécanismes de contrôle du développement embryonnaire : processus d’induction - Le développement post-embryonnaire : la métamorphose, les contrôles endocriniens.
TD : Exercices approfondissant les CM
TP : Mise en évidence des organes de la reproduction chez les vertébrés et les invertébrés. Observation et description du développement embryonnaire chez les amphibiens.

SV 4.2a EP2 Biologie de la reproduction et du développement végétal
CM : 21h - TP : 21h
Cours : Mécanismes conduisant au développement et au fonctionnement de l'appareil reproducteur des angiospermes (mise à fleur, fécondation…). Développement et organisation morphologique des appareils aérien, racinaire et floral des angiospermes. Diversité anatomique et fonctionnelle des différents types tissulaires ou cellulaires formés.
TP : Anatomie des angiospermes. Restitution graphique de l’observation des organes végétaux chez les Monocotylédones et les dicotylédones. De la fleur au fruit et à la germination de la graine : suivi morphologique.

SV 4.2b EP1 Introduction à la pharmacologie
CM : 15h - TD : 8h – TP : 8h
CM : Introduction à la Pharmacodynamie et à la Pharmacocinétique. Description du système LADME. Physiologie des voies d’administration et d’élimination. Notion de volume de distribution, de temps de demi-vie d’absorption, plasmatique et d’élimination), de Débit de filtration glomérulaire (DFG)… Interactions médicamenteuses, variabilité inter-individuelle.
TD : Etude de cas concrets.
TP : Application du modèle linéaire mono-compartimental sur outils numériques.

SV 4.2b EP2 Introduction à l’étude du métabolisme in vivo et in vitro
CM : 15h - TD : 12h – TP : 2h
CM : Méthodes d’imagerie (Microscopie optique et électronique, IRM). Méthodes d’analyse spectroscopique : Spectroscopie par résonance magnétique nucléaire appliquées au vivant (in vivo et in vitro), Spectrométrie de masse.
TD : Spectroscopie analytique : analyse de spectres. Exemple d’application en biologie – Utilisation de la microscopie.
TP : Analyse spectrale et quantification d’un échantillon biologique par RMN du proton.

SV 4.2b EP3 Méthodes d’analyses moléculaires et cellulaires
CM : 15h - TD : 8h – TP : 7h
CM : Méthodes d’imagerie (Microscopie optique et électronique, IRM). Méthodes d’analyse spectroscopique : Spectroscopie par résonance magnétique nucléaire appliquées au vivant (in vivo et in vitro), Spectrométrie de masse.
TD : Spectroscopie analytique : analyse de spectres. Exemple d’application en biologie – Utilisation de la microscopie.
TP : Analyse spectrale et quantification d’un échantillon biologique par RMN du proton.

SV 4.3a Biotechnologies animales et végétales
CM : 24h - TD : 12h – TP : 14h
Cours : Les cours mêlent à la fois les approches théoriques des biotechnologies animales et végétales ainsi que l’étude d’applications concrètes dans l’agriculture aussi bien pour les végétaux que les animaux et dans le domaine de la santé humaine. Seront abordées les notions de : culture in vitro de cellules animales et végétales - régénération in vitro d’organismes végétaux - transgenèse avec les modalités spécifiques à chaque type d’organismes - application des biotechnologies à la santé (FIV, Thérapie génique, bioproduction de molécules à activité thérapeutique, OGM végétaux) - la place des biotechnologies dans le développement durable (phytorémédiation, recyclage du CO2) ainsi que des questions de bioéthique
TD : Sous forme d’exposés, par binôme d’étudiants. Illustration, par des exemples concrets, de l’ensemble des domaines d’application des biotechnologies.
TP : Culture in vitro de cellules végétales (régénération d’une plante) et animales (différenciation de cellules embryonnaires). Initiation à la bio-informatique. Approche des outils du génie génétique par la caractérisation de 2 plasmides recombinants.

SV 4.3b Physiologie sensorielle - Neurosciences
CM : 24h - TD : 14h – TP : 12h
CM : Physiologie neurosensorielle : les différents systèmes sensoriels – Signalisation et plasticité synaptique – Bases anatomique du cerveau humain – Neuroanatomie fonctionnelle et clinique du système somato-sensoriel - Thermorégulation – Introduction à la pharmacologie.
TD : Méthodes d’études en physiologie – Analyse bibliographique – Exposé oral
TP : Mesure de l’activité électrique et mécanique – Réalisation d’ENG, EMG, EEG. Analyse de données

SV 4.3c Ecologie - Ethologie
CM : 24h - TD : 8h – TP : 18h
CM : Histoire de la biogéographie- Approche descriptive de la répartition du vivant- Approche explicative de la répartition du vivant (écologique, historique, climatique…) - Problématique de l’insularité Biogéographie humaine. Historique de l’étude du comportement, présentation des 4 grandes questions de Tinbergen, causes proximales - Evolution du comportement : bases génétiques et processus de sélection -Apprentissage et cognition : Apprentissages non–associatifs & associatifs, apprentissage social.
TD : Démarche scientifique - Empreinte filiale et attachement maternel - Modulation des comportements - Ethologie appliquée.
TP : Réalisation d’une synthèse bibliographique et d’un rapport sur l’écologie et la phylogénie d’un groupe animal (par bi- ou trinômes) suivi d’une présentation orale de ce travail.

SV 4.3d Communication cellulaire en biologie-santé
CM : 22h - TD : 16h – TP : 12h
CM : Les mécanismes moléculaires de la transduction intracellulaire du signal (voie de l’AMPc et des protéines G, la voie du calcium, récepteurs TK (EGFR et cancer)) - Métabolisme : le rôle de la compartimentation cellulaire dans la régulation du métabolisme et orientation des voies métaboliques en fonction des apports alimentaires - Trafic intracellulaire, adressage des protéines et pathologies conformationnelles - Interaction et communication entre cellules du système immunitaire.
TP : suivi d’un marqueur plasmatique au cours de la réaction inflammatoire chez le rat. Mise en oeuvre de techniques de purification de protéines par chromatographie, caractérisation par électrophorèse, dosage des protéines par la méthode de Bradford. Exploitation des résultats et leur mise en commun. Démarche rédactionnelle d’un compte-rendu. Découverte d’une unité de recherche : Visite organisée du laboratoire de recherche

C 4.3 Chimie : Biomolécules
CM : 14h - TD : 12h – TP : 24h
CM : Chimie des glucides, des acides aminés et protéines, des lipides, des terpènes - Etude des structures, compréhension des réactivités principales, présentation de leur utilisation. - Production et composition des huiles essentielles. - Initiation à la chimie bio-inorganique.
TP : fonctionnalisation de glucides, dédoublement de molécules organiques par des molécules naturelles, extraction et analyse d’huiles essentielles, caractérisation des lipides, initiation à la chimie bio-inorganique : étude des ions métalliques dans les systèmes biologiques (hémoglobine, transferrine, vitamine B12, …)

SV4.4 EP1 Anglais
TD : 20h

SV4.4 EP2 Ateliers interdisciplinaires
TD : 10h
TD : les étudiants réaliseront des projets sélectionnés par l'équipe pédagogique en s'appuyant sur plusieurs disciplines scientifiques. La démarche doit impérativement comporter des phases de recherche et d'exploitation de documents. Ce travail documentaire permet, à son tour, d'affiner la problématique et de décider de la réalisation la plus cohérente avec le sujet choisi. L ‘évaluation prendra en compte la qualité de l’information scientifique sélectionnée, la mise en évidence de l’interdisciplinarité dans le traitement du sujet et enfin la qualité de sa présentation sous la forme d’un support multimédia. Cet enseignement est effectué sous la direction d’enseignants d’au moins 2 disciplines différentes qui seront des personnes ressources tout au long de l’élaboration du projet.

SV4.4 EP3 Compétences numériques
TD : 10h